[Lejito]

Тотемы дают бонусы (зелененькие плюсы) в способности. Они не увеличивают значения.
Я не знаю что у вас там растет, но предметы с бонусами в инвентаре учитываются при расчете коэффициента при прокачке.
Естественно, если навигации для управления определенным классом не хватает (к примеру) на 6 пунктов (и идет малус -6), то при получении в инвентарь статуи с бонусом в (к примеру +20) происходит "взаиморасчет" и в результате бонус будет равняться +14. Однако остальные способности будут с малусами и сам показатель навигации останется неизменным (т.е. меньше значения, допустимого для управления данным классом корабля).
Если же дать такой тотем штурману у которого не хватает навы, то расклад меняется и возможно, что у ГГ малусы совсем исчезнут (не проверял).