В течение двух лет капитан 2-го ранга Бутаков находился в командировке в Бордо, где наблюдал за строительством 40-пушечного парусно-винтового фрегата "Светлана", которым затем командовал в Средиземном море. В 1862 г. он был награждён
"За беспорочную выслугу, в офицерских чинах, 18-ти шестимесячных морских кампаний" орденом Святого Владимира 4-й степени с бантом.
В 1862 г. в чине капитана 1-го ранга Бутаков командовал 45-пушечным парусно-винтовым фрегатом "Ослябя" в Средиземном море, а в 1863 г. в составе Атлантической эскадры под командованием контр-адмирала
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] совершил переход в Нью-Йорк.
В 1864 году Иван Иванович вернулся на родину, где был назначен 10 мая в связи с обострением русско-британских отношений и возможностью появления британской эскадры в Балтийском море начальником южного фланга обороны Кронштадта.
В 1865 г. Бутаков был назначен командиром 70-пушечного парусно-винтового фрегата "Генерал-адмирал", командуя которым плавал в Балтийском море, а в 1866 году совершил переход в Средиземное море, где организовал вывоз с острова Крит греческих беженцев, за что был награждён
греческим орденом Спасителя.
10 июля 1867 г. Иван Иванович был назначен командующим отрядом судов в Средиземном море подняв брейд-вымпел на корвете "Память Меркурия", а 15 октября того же года был произведен в чин контр-адмирала. Корвет "Память Меркурия" и шхуна "Бомбары" входившие в состав Средиземноморского отряда продолжали перевозку беженцев с острова Крит на материковую Грецию и заслуги Бутакова в организации этой экспедиции были отмечены награждением его
греческим орденом Спасителя большого креста.
К 1868 году большая часть побережья Крита была захвачена турецкими войсками и поэтому перевозка беженцев была прекращена. Контр-адмирал Бутаков остался на Средиземном море, занимаясь боевой подготовкой кораблей и выполняя поручения русских послов и консулов. В ноябре 1869 г. клипер "Яхонт" находившийся под его флагом принимал участие в церемонии открытия Суэцкого канала. Заслуги Ивана Ивановича были отмечены награждением его 2 марта 1870 г.
орденом Святого Станислава 1-й степени и зачислением в 1872 г. в Свиту Его Императорского Величества.
В дальнейшем Бутаков продолжал служить на Средиземном море, командуя различными эскадрами, а при возникновении угрозы начала русско-турецкой войны был назначен 4 декабря 1876 г. командующим отдельным отрядом судов, предназначенным для крейсерских действий в Атлантическом океане. В состав эскадры входили фрегат "Светлана", корветы "Богатырь" и "Аскольд", клипер "Крейсер". 1 января 1877 г. Иван Иванович был награждён орденом Святого Владимира 2-й степени.
В связи с тем, что Великобритания не пошла на открытый конфликт с Россией эскадры была 29 апреля 1877 г. отозвана в Кронштадт и по приходе в Брест расформирована, а её командующий был назначен помощником начальника морской и береговой обороны Кронштадта.
10 декабря 1879 г. заслуженного адмирала назначили эскадр-майором Его Императорского Величества и по этой должности он сопровождал государя на пароходе "Эриклик" в Средиземном море и на яхте "Штандарт" в Балтийском море. 20 апреля 1880 года император назначил его своим генерал-адъютантом с оставлением в занимаемой должности.
Иван Иванович Бутаков скоропостижно скончался в возрасте шестидесяти лет от аневризмы и был похоронен на Никольском кладбище Александро-Невской Лавры в Санкт-Петербурге.