В 1917-1921 гг. работал в постоянной Полярной комиссии при Российской Академии наук, участвовал в организации Российского гидрологического института, где затем руководил работами отделения открытого моря морского отдела, преподавал в Морской академии.
Скончался М. Е. Жданко 16 ноября 1921 года в Петрограде во время чтения лекции в Морской академии. Похоронен в Петербурге на Смоленском православном кладбище: бетонная раковина с ажурным металлическим крестом и фотографией, недалеко от Прямой дорожки, справа от захоронения Юрия Яковлевича и Георгия Николаевича Леманов.
Племянница М. Е. Жданко Ерминия участвовала в экспедиции
[Для просмотра данной ссылки нужно зарегистрироваться] на "Св. Анне" по северному морскому пути.
Исследовательская деятельность
Начиная с 1886 года, с получением должности начальника Беломорской съёмки, деятельность М. Е. Жданко целиком посвящена гидрографическим исследованиям, которым в общей сложности он отдал 31 год службы. Из них 8 лет работал на Белом море, где были произведены исследования Онежского залива, части Двинского и Кандалакшского заливов и окрестностей, давшие возможность создать более точные карты этих мест. Им были выполнены экспедиции на Мурман, Печору и Новую Землю, во время которых были проведены астрономические и магнитные наблюдения, позволившие значительно исправить существующие карты.
В результате плавания в высоких северных широтах были созданы таблицы азимутов, которые дополнили известные таблицы Бардвуда, вычисленные для умеренных широт. В большинстве своих плаваний, М. Е. Жданко проводил магнитные измерения и самостоятельно обрабатывал их, в результате чего были изданы статья "Исследования земного магнетизма в Балтийском море и Ледовитом океане" и магнитная карта
Черного моря.
В 1890 году выходят в издании Главного Гидрографического Управления вычисленные М. Е. Жданко таблицы меридиональных частей для построения меркаторских карт на эллипсоиде Кларка, признанные в то время наиболее достоверными.
С 1898 года, после назначения начальником гидрографической Экспедиции Восточного (ныне Тихого) океана, М. Е. Жданко продолжал исследования земного магнетизма, астрономические наблюдения, дополняя их исследованиями силы тяжести. Во время плаваний производились многочисленные наблюдения за течениями, исследования земной рефракции, измерения солёности и температуры воды. Результатом гидрографических работ стали ряд новых карт Японского и Охотского морей и многочисленные планы береговой линии. Был определён новый, более удобный фарватер в устье Амура.
В 1913 году М. Е. Жданко покинул Экспедицию в связи с назначением начальником Главного Гидрографического Управления в
Санкт-Петербурге. После отставки в 1917 году, работал в различных научных организациях, связанных с Российской Академией Наук. После революции 1917 года, Жданко продолжал просветительскую работу и скончался во время проведения лекции в клубе Водников 16 ноября 1921 года.
Память
Именем Жданко названы:
гора и хребет на острове Сахалин,
бухта в северо-восточной части бухты Новик,
мыс у северного берега бухты Патрокл,
два мыса на Новой Земле.
Награды
Орден Св. Анны 1-й степени
Орден Св. Станислава 1-й степени
Орден Св. Владимира 2-й степени